- Báo cáo đánh giá tư liệu của từng địa điểm di tích trên từng Khu di tích, trong đó: Khu di tích danh thắng Yên Tử - Quảng Ninh (14 báo cáo), Khu di tích danh thắng Tây Yên Tử - Bắc Giang (11 báo cáo), Khu di tích lịch sử nhà Trần tại Đông Triều - Quảng Ninh (17 báo cáo).
- Báo cáo tổng hợp đánh giá tổng quan theo các nguồn tư liệu và báo cáo tại các điểm di tích đã thực hiện, đồng thời đề xuất kế hoạch cho các công việc ở các nội dung tiếp theo, bao gồm: Báo cáo đánh giá về hệ thống tư liệu tại Khu di tích danh thắng Yên Tử - Quảng Ninh;  Báo cáo đánh giá về hệ thống tư liệu tại Khu di tích danh thắng Tây Yên Tử - Bắc Giang;  Báo cáo đánh giá về hệ thống tư liệu tại Khu di tích lịch sử nhà Trần tại Đông Triều - Quảng Ninh; Báo cáo đánh giá về hệ thống tư liệu tại Khu di tích Côn Sơn - Kiếp Bạc, chùa Thanh Mai - Hải Dương.
- Các báo cáo đánh giá liên kết các giá trị lịch sử, văn hóa, tín ngưỡng, tôn giáo trên cả 4 khu di tích theo các tiêu chí đã lựa chọn của Quần thể di tích, bao gồm: Báo cáo đánh giá giá trị của các Khu di tích  theo các tiêu chí đã lựa chọn (04 báo cáo/4 khu di tích); Báo cáo đánh giá giá trị nổi bật toàn cầu của di tích dưới góc độ khảo cổ học, di vật (04 báo cáo/4 khu di tích); Báo cáo đánh giá tình trạng bảo tồn của các di tích khảo cổ học (04 báo cáo/4 khu di tích); Báo cáo đánh giá tính toàn vẹn, tính xác thực của di tích (04 báo cáo/4 khu di tích).
- Hồ sơ tư liệu bản ảnh về di tích và di vật, hồ sơ tư liệu bản vẽ, phiếu đăng ký hiện vật tiêu biểu, phiếu mô tả di tích và các hiện tượng khảo cổ học trong các hồ khai quật (30 di tích); Báo cáo kết quả khai quật bao gồm: Báo cáo sơ bộ kết quả khai quật và Báo cáo khoa học kết quả khai quật.
- Hồ sơ tư liệu bản dập văn bia, hồ sơ tư liệu bản ảnh minh họa và 22 chuyên đề thể hiện kết quả điều tra, khảo sát, nghiên cứu bổ sung về lịch sử, Phật giáo và giá trị văn hóa phi vật thể tại 4 khu di tích, bao gồm:
+ Chuyên đề tìm hiểu các nghi lễ và thực hành nghi lễ tôn giáo - tín ngưỡng khu di tích Yên Tử từ thời Trần đến nay;
+ Chuyên đề tìm hiểu các nghi lễ và thực hành nghi lễ tôn giáo - tín ngưỡng khu di tích Đông Triều từ thời Trần đến nay;
+ Chuyên đề tìm hiểu các nghi lễ và thực hành nghi lễ  tôn giáo - tín ngưỡng khu di tích Tây Yên Tử từ thời Trần đến nay;
+ Chuyên đề tìm hiểu các nghi lễ và thực hành nghi lễ  tôn giáo - tín ngưỡng khu di tích Côn Sơn - Kiếp Bạc từ thời Trần đến nay;
+ Chuyên đề tìm hiểu lễ hội và giá trị của lễ hội khu di tích Yên Tử từ thời Trần đến nay;
+ Chuyên đề tìm hiểu lễ hội và giá trị của lễ hội khu di tích Đông Triều từ thời Trần đến nay;
+ Chuyên đề tìm hiểu lễ hội và giá trị của lễ hội khu di tích Tây Yên Tử từ thời Trần đến nay;
+ Chuyên đề tìm hiểu lễ hội và giá trị của lễ hội khu di tích Côn Sơn - Kiếp Bạc từ thời Trần đến nay;
+ Chuyên đề  đánh giá tổng quan giá trị của lễ hội ở 4 khu vực di tích; Chuyên đề đánh giá tổng quan giá trị của các nghi lễ tôn giáo tín ngưỡng khu vực Yên Tử;
+ Chuyên đề tôn giáo tín ngưỡng khu vực Yên Tử, so sánh với tôn giáo tín ngưỡng khu vực Ấn Độ, Trung Quốc;
+ Chuyên đề tôn giáo tín ngưỡng khu vực Yên Tử, so sánh với tôn giáo tín ngưỡng Nhật Bản, Triều Tiên và Đông Nam Á;
+ Chuyên đề tôn giáo - tín ngưỡng khu vực Yên Tử từ thời Lý Trần đến nay qua tư liệu chuông, bia;
+ Chuyên đề  phật giáo Trúc Lâm từ thời Trần đến ngày nay;
+ Chuyên đề tư tưởng tam giáo đồng nguyên ở Việt Nam trong bối cảnh Đông Á;
+ Chuyên đề văn hóa sinh thái khu di tích Yên Tử (Quảng Ninh, Bắc Giang, Hải Dương) trong bối cảnh sinh thái Việt Nam;
+ Chuyên đề tư liệu về hệ thống ván in chữ Hán ở chùa Vĩnh Nghiêm;
+ Chuyên đề giá trị của hệ thống mộc bản chữ Hán chùa Vĩnh Nghiêm - Bổ Đà;
+ Chuyên đề bối cảnh lịch sử văn hóa khu vực Đông Á và Đông Nam Á của Phật giáo Trúc Lâm;
+ Chuyên đề tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên thời Trần trong bối cảnh Việt Nam và khu vực;
+ Chuyên đề thiền phái Trúc Lâm: Lịch sử, hiện trạng và vấn đề;
+  Chuyên đề giá trị của hệ thống di sản văn học Phật giáo Trúc Lâm.
- Các Chuyên đề nghiên cứu, đề xuất giải pháp về chiến lược quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị văn hoá, lịch sử, tôn giáo tín ngưỡng quần thể di tích danh thắng Yên Tử, bao gồm: Chuyên đề thu thập, tổng hợp dữ liệu, nghiên cứu hiện trạng đề xuất chiến lược bảo tồn, phát huy giá trị văn hóa, lịch sử, tôn giáo, tín ngưỡng của Khu di tích danh thắng Yên Tử (Quảng Ninh); Chuyên đề thu thập, tổng hợp dữ liệu, nghiên cứu hiện trạng đề xuất chiến lược bảo tồn, phát huy giá trị văn hóa, lịch sử, tôn giáo, tín ngưỡng của Khu di tích lịch sử nhà Trần tại Đông Triều (Quảng Ninh); Chuyên đề thu thập, tổng hợp dữ liệu, nghiên cứu hiện trạng đề xuất chiến lược bảo tồn, phát huy giá trị văn hóa, lịch sử, tôn giáo, tín ngưỡng của Khu di tích danh thắng Tây Yên Tử (Bắc Giang); Chuyên đề thu thập, tổng hợp dữ liệu, nghiên cứu hiện trạng đề xuất chiến lược bảo tồn, phát huy giá trị văn hóa, lịch sử, tôn giáo, tín ngưỡng của Khu di tích Côn Sơn - Kiếp Bạc, chùa Thanh Mai (Hải Dương).