Phân tích mức độ đa dạng giữa 45 giống Bắp Nếp và 41 giống Bắp Nù đêm lại lợi ích rất lớn cho chương trình chọn giống như ảnh hưởng của sự lựa chọn dòng thuần trogn sự phát triển của giống bắp nếp của An Giang. Sự đa dạng của giống bắp này được đánh giá bằng phương pháp kỹ thuật RAPD và AFLP và phương pháp đánh giá hình thái. Mục tiêu của đề tài là sự đa dạng di truyền của các giống bắp địa phương An Giang, phân tich mối tương quan giữa các đặc tính nông học để ứng dụng trong việc chọn tạo giống và đua ra kết quả giữa phương pháp đánh giá hình thái và phương pháp Maker phân tử. Kết quả ghi nhận: Phân tích dựa vào đặc điểm hình thái, kết quả đo đạt các chỉ tiêu ngoài đồng ruộng sau khi được xử lý trên excel và phân tích bằng phần mềm SAS 9.0 biến động cao, bởi vì ngoài sự kiểm soát của kiểu gen, cây bắp còn chịu ảnh hưởng rất lớn của môi trường sống khí hậu, đất đai, mùa vụ, chế độ chăm sóc, côn trùng gây hại, nấm bệnh,… Kết quả ANOVA cũng cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa giữa 45 giống bắp nếp và 41 giống bắp nù. Hệ số tương quan cho thấy tình trạng nông học tương quan rất chặt. Kết quả phân tích dựa và 9 mồi RAPD và 4 cặp mồi AFLP cho thấy có sự đa dạng di truyền rất cao giữa các dòng bắp. Kết quả phân tích nhóm di truyền vào kiểu gem cũng chia ra làm 2 nhóm chính và 4 nhóm phụ. Dựa vào marker phân tử có thể đánh giá gián tiếp sự hiện diện hay không hiện diện của gen chọn lọc nhờ maker mà không chịu sự chi phối bởi ảnh hưởng của môi trường. Thông qua 4 Primer được sử dụng trên 86 mẫu tương ứng với kết quả ly trích của 86 dòng bắp cho chất lượng AND tốt sau khi phân tích AFLP trên máy sequencer cho ra sơ đồ với dạng đỉnh sóng tương ứng với số cặp base của đoạn được phân cắt bởi hai enzyme EcoRI.CAC/ Mse 1 CAC và EcoRI/AAC/CAC Đã nghiên cứu các tính trạng phẩm chất và khả năng chống chịu sâu bệnh của nguồn gen. Phục tráng được vài dòng bắp Nếp và bắp Nù đưa vào sử dụng trong quần thể đất rộng lớn.Đã tìm hiểu ảnh hưởng của môi trường- điều kiện canh tác như thời vụ, tương tác kiểu gen và môi trường…đến năng suất và phẩm chất của giống bắp, làm cơ sở xây dựng biện pháp canh tác cho từng giống. Đề tài sử dụng 4 mô hình trồng bắp được khảo sát và đánh giá hai dòng chọn lựa năng suất cao, hàm lượng amylose dẽo và Protein cao là B10 và B40, đạt năng suất 7,8 và 8 tấn/ha, phẩm chất ngon, hàm lượng amilose dưới 2% và protein đạt trên 15 %.