Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase

Chỉ số đề mục

Lĩnh vực nghiên cứu

Dược lý học

Dạng tài liệu

Tác giả

Nguyễn Hữu Toàn, Trần Quang Đệ, Bùi Thị Bửu Huê, Nguyễn Trọng Tuân, Lê Thị Bạch, Hà Thị Kim Quy, Huỳnh Như Thảo, Huỳnh Duy Thiện, Nguyen Thanh Si

Nhan đề

Ứng dụng mô hình mô phỏng docking để so sánh tương tác giữa các thuốc kháng cholinergic với enzyme acetylcholinesterase

Nhan đề tiếng anh

Applying docking simulation to compare the interactions of anticholinergic drugs with acetylcholinesterase

Nguồn trích

Khoa học (ĐH Cần Thơ)

Năm xuất bản

2020

Số

CDKHTN

Trang

26-32

ISSN

1859-2333

Từ khóa

AutoDock, Các chất ức chế acetylcholinesterase, Docking phân tử, Liên kết hydro, Tương tác pi-stacking, Tương tác kị nước

Từ khóa tiếng anh

Acetylcholinesterase inhibitors, . AutoDock, Hydrogen bond, Hydrophobic interaction, Molecular docking, Pi–stacking

Tóm tắt

Trong nghiên cứu này, docking phân tử bằng AutoDock được sử dụng để nghiên cứu những tương tác giữa một số loại thuốc (tacrine, rivastigmine, galantamine và donepezil) với enzyme acetylcholinesterase (AChE). Cấu trúc X-ray của AChE (PDB 4EY6) được lấy từ Protein Data Bank để hỗ trợ các tính toán được chạy trên AutoDock Vina, AutoGrid4 và AutoDock4. Năng lượng tự do của các cấu trúc được xác định bằng việc sử dụng phương pháp docking tự động thuật toán di truyền Lamarckian (LGA). Những tác động ức chế của ligand được phân tích bằng phần mềm Discovery Studio Visualizer chỉ ra các tương tác quan trọng liên kết hydrogen, vùng kị nước, pi-stacking với hướng hoạt động các amino acid thơm và thuốc. Dựa vào kết quả từ thuật toán LGA và phần mềm Discovery Studio Visualizer, kết quả docking cho thấy cấu trúc các thuốc kháng acetylcholinesterase đều tương tác với vùng hoạt động của enzyme này, định hướng cho việc sàng lọc các thuốc điều trị bệnh Alzheimer.

Tóm tắt tiếng anh

In this study, molecular docking using AutoDock was utilized to analyze interactions between several promising drugs (tacrine, rivastigmine, galantamine, and donepezil) and acetylcholinesterase (AChE). The X-ray structure of AChE (PDB 4EY6) from Protein Data Bank was used for molecular modeling simulation software (AutoDock Vina, AutoGrid4, and AutoDock4). Binding free energies of docking calculations were generated by the automatic docking method of Lamarckian genetic algorithm (LGA). Inhibitory effects of ligands were analyzed by Discovery Studio Visualizer software, which showed important interactions such as hydrogen bond, hydrophobic interaction, pi-stacking interaction between aromatic amino acids and drugs. Based on results obtained from LGA and Discovery Studio Visualizer software, the important interactions between these anticholinergic inhibitors and the active site residues were determined. This study can be further used for the virtual screening approach of house database compounds against Alzheimer’s disease.

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CVv 403

File toàn văn

Xem toàn văn