BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  18,947,842
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Khoa học nông nghiệp

BB

Triệu Anh Tuấn, Thái Thanh Bình

ỨNG DỤNG GIẢI TRÌNH TỰ GENE THẾ HỆ MỚI (NGS) ĐỂ SÀNG LỌC ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN (SNP) LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH TRẠNG TĂNG TRƯỞNG Ở TU HÀI (Lutraria rhynchaen, Jonas 1844)

APPLICATION OF NEXT GENERATION SEQUENCING (NGS) FOR SCREENING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS (SNP) RELATED TO GROWTH TRAITS OF OTTER CLAM (Lutraria rhynchaen, Jonas 1844)

Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên

2023

05

89-96

Nghề nuôi tu hài (Lutraria rhynchaena) tại huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh hiện nay gặp nhiều khó khăn do chất lượng con giống thấp, dịch bệnh thường xuyên xảy ra. Trên cơ sở đó, cần có những nghiên cứu nhằm nâng cao chất lượng con giống; đặc biệt là cần có sự kết hợp giữa di truyền số lượng và di truyền phân tử để chọn lọc được tính trạng mong muốn thông qua các chỉ thị phân tử. Trong nghiên cứu này, chúng tôi ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới NovaSeq6000 để giải trình tự và sàng lọc các đa hình nucleotide đơn (SNPs) liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài. Kết quả đã sàng lọc được tổng số 1.470.534 SNPs cho cả hai nhóm tu hài, ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh xác định được 703.228 SNPs, ở tu hài tăng trưởng chậm xác định được 394.723 SNPs và xác định được 372.583 SNPs xuất hiện ở cả hai nhóm tu hài. Qua sàng lọc và phân tích liên kết thu được 20 SNP tiềm năng cho nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và 12 SNP tiềm năng cho nhóm tu hài tăng trưởng chậm. Các SNP được sàng lọc bước đầu là chỉ thị phân tử phục vụ cho các chương trình chọn giống tu hài ở Việt Nam trong tương lai.

Otter clam farming in Van Don, Quang Ninh has been encountering difficulties because of poor quality of breeds and more frequent disease outbreaks. On that basis, it is necessary to conduct genetic studies to improve the source of breeds, especially the combination of quantitative inheritance and molecular genetics to select desirable traits by molecular indicator. In this study, we employed next-generation sequencing of gene technology NovaSeq6000 to sequence and screen single nucleotide polymorphism (SNPs) that relates to growth traits in otter clam. The results was screened shows that total 1,470,534 SNPs to 2 groups, in which 703.228 SNPs only appeared in fast-growing group, 394.723 SNPs only appeared in slow-growing group, and 372.583 SNPs appeared in both groups. Through screening and genetic linkage analysis, 20 potential SNPs for fast-growing group and 12 potential SNPs for slow-growing group were achieved. The study suggests that SNP Screen should be employed as a molecular indicator method to serve geoduck breed selection in Vietnam.

Xem toàn văn