Tạo DNA chuẩn cho phân tích virus gây bệnh đốm trắng trên tôm bằng kỹ thuật real-time PCR (qPCR)

Chỉ số đề mục

69

Lĩnh vực nghiên cứu

Bệnh học thuỷ sản

Dạng tài liệu

Tác giả

Trần Việt Cường, Phan Tuấn Nghĩa, Nguyễn Thị Hồng Loan⁽¹⁾

Nhan đề

Tạo DNA chuẩn cho phân tích virus gây bệnh đốm trắng trên tôm bằng kỹ thuật real-time PCR (qPCR)

Nhan đề tiếng anh

Creation of Standard DNA for Detection and Quantification of White Spot Syndrome Virus in Shrimps by Real-time PCR (qPCR)

Nguồn trích

Tạp chí Khoa học tự nhiên và công nghệ – Đại học Quốc gia Hà Nội

Năm xuất bản

2023

Số

01

Trang

73-80

ISSN

2615-9317

Từ khóa

DNA chuẩn, Định lượng, Bệnh đốm trắng, Real-time PCR, Tôm

Từ khóa tiếng anh

Standard DNA, White spot syndrome virus, Quantification, Real-time PCR, Shrimps

Tóm tắt

Virus gây hội chứng đốm trắng (white spot syndrome virus - WSSV) là loại virus DNA sợi kép gây bệnh cho nhiều động vật giáp xác trong đó có họ tôm he (Penaeidae). Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã xây dựng mẫu DNA chuẩn phục vụ việc phát hiện và định lượng WSSV bằng phương pháp real-time PCR (qPCR). Đoạn gen đặc hiệu 126 bp của WSSV đã được nhân bản bằng PCR và nhân dòng thành công vào vector pGEM-T. Đường chuẩn với khuôn là vector pGEM mang đoạn gen 126 bp đã được xây dựng với nồng độ 3x102 đến 3x108 bản sao/mL bằng qPCR có độ hồi quy tuyến tính tốt với hiệu quả PCR là 99,1%, hệ số tương quan R2 có giá trị 0,998 và độ dốc của đường biểu diễn chuẩn là -3,344. Mẫu chuẩn tạo ra cũng đã được sử dụng để phát hiện và định lượng WSSV ở một số mẫu tôm sú nhiễm virus và kết quả là đã phát hiện được WSSV trong khoảng 3,69x103 - 1,25x108 bản sao/mL ở các mẫu thu được.

Tóm tắt tiếng anh

White spot syndrome virus (WSSV) is a double stranded DNA virus that causes WSS diseases for many crustaceans including the Penaeidae family shrimp. In this study, standard DNA for detection and quantification of WSSV by real-time polymerase chain reaction (qPCR) method was created. A specific gene fragment of 126 bp from WSSV genome was successfully amplified by PCR and cloned into pGEM-T vector. qPCR calibration curves using the created recombinant pGEM vector harboring 126 bp gene fragment as the standard DNA at concentrations of 3x102 to 3x108 copies/mL showed to have good linear regression with an efficiency of 99.1%, correlation coefficient R2 of 0.998 and the slope of -3.344. The recombinant vector was also used as a positive standard for detection and quantification of WSSV in a number of WSSV-infected shrimp samples and the values ranging from 3.69x103 copies/mL to 1.25x108 copies/mL WSSV were found in the collected samples.

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CTv 8

File toàn văn

Xem toàn văn