BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  16,192,727

Cây công nghiệp và cây thuốc

Phạm Phương Thu; Trần Thị Phương Liên; Tạ Hồng Lĩnh; Chu Đức Hà; Nguyễn Thị Ngọc Ánh; Bùi Thị Thu Hương; Nguyễn Văn Lộc; Lê Thị Ngọc Quỳnh; Nguyễn Sông Thao; Trần Thị Thanh Huyền; Nguyễn Thị Ngọc Ánh(1); 

Nghiên cứu nhóm gen quy định protein vận chuyển đường sucrose ở cây diêm mạch (Chenopodium quinoa) bằng công cụ tin sinh học dữ liệu lớn

Study on the sucrose transporter gene family in quinoa (Chenopodium quinoa) by the big data analytic computational approaches

Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam

2021

7

18 - 23

1859 - 1558

Cây diêm mạch; Chenopodium quinoa; Dữ liệu lớn; SWEET; Tin sinh học

Chenopodium quinoa; Big data; SWEET; Bioinformatics

Diêm mạch (Chenopodium quinoa) là một trong những đối tượng cây trồng có giá trị kinh tế cao và được trồng trọt phổ biến trên thế giới. Tuy nhiên, những hiểu biết về cơ chế thích nghi của cây diêm mạch vẫn còn hạn chế do thông tin di truyền của loài mới chỉ được ghi nhận gần đây. Trong nghiên cứu này, họ protein vận chuyển đường sucrose, SWEET (Sugar Will Eventually be Exported Transporter), đã được tìm hiểu ở cây diêm mạch thông qua các công cụ phân tích tin sinh học dữ liệu lớn. Kết quả đã xác định được 29 gen CqSWEET trong hệ gen của diêm mạch. Trong đó, phần lớn họ gen CqSWEET đều chứa năm hoặc sáu exon, tương tự như họ SWEET ở các loài thực vật khác. Đánh giá dữ liệu biểu hiện cho thấy các gen CqSWEET có biểu hiện đa dạng tại bộ phận chính trong cây. Đáng chú ý, CqSWEET09 và 20 có biểu hiện đặc thù tại hoa và quả. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những dẫn liệu khoa học cho việc tìm hiểu về vai trò của họ CqSWEET liên quan đến tính chống chịu bất lợi ở cây diêm mạch.
 

Quinoa (Chenopodium quinoa) is regarded as one of the highly-valued crops that are cultivated widely in the world. However, the mechanism of the adaptation in the quinoa plant has been still lacking, even the genetic information of this species was recently published. In this study, the sucrose transporter, namely ‘SWEET’ (Sugar Will Eventually be Exported Transporter), has been identified in the quinoa genome by the big data computational analysis. As a result, a total of 29 CqSWEET genes has been reported in the quinoa genome. Among them, the majority of CqSWEET genes contain five or six exons, as confirmed in other plant species. Our expression analysis indicated that the CqSWEET genes had differentially expressed in the major organs. Interestingly, CqSWEET09 and 20 have been noted to exclusively express in both flowers and fruits. Taken together, our study could provide a solid foundation for further investigation of the function of the CqSWEET genes related to the mechanism of stress response in quinoa.
 

TTKHCNQG, CVv 490

Xem toàn văn