Đánh giá K-4CARE, một xét nghiệm di truyền toàn diện cho các chỉ dấu phân tử bộ gen của khối u. Phương pháp: Xét nghiệm này gồm 473 gen đặc trưng cho ung thư với tổng kích thước vùng khảo sát là 1.7 Mb. Xét nghiệm được đánh giá trên các nhóm mẫu chuẩn với nhiều chỉ số gồm: giới hạn phát hiện (LOD), độ tương đồng, độ nhạy, độ đặc hiệu và độ chính xác. Những biến đổi di truyền được khảo sát gồm: biến thể đơn nucleotide (SNVs), thêm hay mất đoạn ngắn (Indels), sự thay đổi số lượng bản sao (CNAs), và các dung hợp gen. Trong khi đó, việc xác định sự bất ổn định của các vùng vi vệ tinh (MSI) và tải lượng đột biến khối u (TMB) được đánh giá đồng thời trên cả mẫu chuẩn và 83 mẫu lâm sàng từ 10 loại ung thư khác nhau. Kết quả: Tại ngưỡng LOD là 5% cho cả SNVs và Indels, xét nghiệm cho độ nhạy và độ đặc hiệu lần lượt là 99,96% và 100%. Các biến đổi do dung hợp gen hay tăng số lượng bản sao đều cho độ đặc hiệu là 100%, với độ nhạy tương ứng là 94% và 100%. Các biến thể dòng mầm, bao gồm cả SNVs và Indels, đều cho độ nhạy và độ đặc hiệu là 100%. Giá trị TMB trên mẫu chuẩn cho độ tương đồng là 100%, và đạt độ tương quan là 97% khi so sánh giữa K-4CARE với phương pháp giải toàn bộ exon trên nhóm mẫu lâm sàng. MSI xác định từ xét nghiệm khi so sánh với các phương pháp PCR thường quy cho thấy có độ chính xác cao với độ nhạy 94% và độ đặc hiệu 100%. Kết luận: Xét nghiệm K-4CARE có thể cung cấp một cách toàn diện và đáng tin cậy các dấu ấn phân tử được sử dụng cho điều trị đích và điều trị miễn dịch ở bệnh nhân ung thư.

Demonstrated in-depth analytical validation of K-4CARE, a tumor CGP assay. Methods: The assay utilized a panel of 473 cancer-relevant genes with a total length of 1.7 Mb. We first used commercial reference materials to evaluate performance criteria including limit of detection (LOD), concordance, sensitivity, specificity and precision, to detect single nucleotide variants (SNVs), small insertion/deletions (Indels), copy number alterations (CNAs), genomic rearrangement or fusion. Microsatellite instability (MSI) and tumor mutational burden (TMB) were assessed using both reference materials and 83 clinical tumor samples from 10 cancer types. Results: At LOD of 5% for SNVs and Indels, the assay had sensitivity and specificity of 99.96% and 100%, respectively. Genomic fusions and amplifications were detected with specificity of 100%; sensitivity of 94% and 100% respectively. Detection of germline variants, including both SNVs and Indels, also achieved sensitivity and specificity of 100%. TMB measurement showed 100% concordance with reference materials; and in clinical samples, the correlation coefficient between whole-exome sequencing and targeted panel sequencing was 97%. MSI analysis benchmarked against polymerase-chain reaction showed high accuracy with sensitivity of 94% and specificity of 100%. Conclusions: K-4CARE assay provides comprehensive and reliable genomic information that fulfills all guideline-based biomarker testing for both targeted therapies and immunotherapies.