Thông tin nhà nghiên cứu KH&CN

Mã NNC: CB.626459

PGS. TS Trịnh Xuân Hoàng

Cơ quan/đơn vị công tác: Viện Vật Lý

Lĩnh vực nghiên cứu: Vật lý nguyên tử, vật lý phân tử và vật lý hóa học,

  • Danh sách các Bài báo/Công bố KH&CN
  • Danh sách các Nhiệm vụ KH&CN đã tham gia
[1]

Energetic preference and topological constraint effects on the formation of DNA twisted toroidal bundles

Nhung T. T. Nguyen, Anh T. Ngo, Trinh Xuan Hoang
Journal of Chemical Physics 158, 114904 (2023) - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN: 0021-9606
[2]

The protein escape process at the ribosomal exit tunnel has conserved mechanisms across the domains of life

Phuong Thuy Bui, and Trinh Xuan Hoang
Journal of Chemical Physics 158, 015102 (2023) - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN: 0021-9606
[3]

Electronic properties of twisted multilayer graphene

V Hung Nguyen, Trinh X Hoang and J-C Charlier
Journal of Physics: Materials 5, 034003 (2022) - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 2515-7639
[4]

Proteins - a celebration of consilience

Tatjana Škrbić, Trinh Xuan Hoang, Achille Giacometti, Amos Maritan and Jayanth R. Banavar
International Journal of Modern Physics B 36, 2140051 (2022) - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 0217-9792
[5]

Hydrophobic and electrostatic interactions modulate protein escape at the ribosomal exit tunnel

Phuong Thuy Bui and Trinh Xuan Hoang
Biophysical Journal 120, 4798-4808 (2021) - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN: 0006-3495
[6]

Marginally compact phase and ordered ground states in a model polymer with side spheres

Tatjana Škrbić, Trinh Xuan Hoang, Achille Giacometti, Amos Maritan, and Jayanth R. Banavar
Physical Review E 104, L012501 (2021) - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN: 2470-0045
[7]

Spontaneous dimensional reduction and ground state degeneracy in a simple chain model

Tatjana Škrbić, Trinh Xuan Hoang, Achille Giacometti, Amos Maritan, and Jayanth R. Banavar
Physical Review E 104, L012101 (2021) - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN: 2470-0045
[8]

Protein escape at the ribosomal exit tunnel: Effect of the tunnel shape

Phuong Thuy Bui and Trinh Xuan Hoang
Journal of Chemical Physics 153, 045105 (2020) - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN: 0021-9606
[9]

In silico studies for the interaction of tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) with different saponins from Vietnamese ginseng (Panax vietnamesis)

Oanh T. P. Kim, Manh D. Le, Hoang X. Trinh and Hai V. Nong
Biophysics and Physicobiology 13, 173-180 (2016) - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN: 2189-4779
[10]

Additive effects of macromolecular crowding and confinement on protein stability

Phuong Thuy Bui and Trinh Xuan Hoang
Communications in Physics 28, 351-360 (2018) - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 0868-3166
[11]

Sampling the folding transition state ensemble in a tube-like model of protein

Nguyen Ba Hung, Trinh Xuan Hoang
Communications in Physics 29, 129-139 (2019) - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 0868-3166
[12]

Effects of inter-organism interactions in biofouling on microtopographic surfaces

Trinh X. Hoang, Ha T. H. Mai, Anthony B. Brennan and Ly Le
Biofouling 35, 684-695 (2019) - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 0892-7014
[13]

The elixir phase of chain molecules

Tatjana Škrbić, Trinh X. Hoang, Amos Maritan, Jayanth R. Banavar, Achille Giacometti
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 87, 176-184 (2019) - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 1097-0134
[14]

The pH-dependent electrostatic interaction of a metal nanoparticle with the MS2 virus-like particles

Anh D. Phan, Trinh X. Hoang
Chemical Physics Letters 730, 84-88 (2019) - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 0009-2614
[15]

Local symmetry determines the phases of linear chains: a simple model for the self-assembly of peptides

Tatjana Skrbic, Trinh Xuan Hoang, Amos Maritan, Jayanth R. Banavar and Achille Giacometti
Soft Matter 15, 5596-5613 (2019) - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 1744-683X
[16]

Theoretical Model for the Structural Relaxation Time in Coamorphous Drugs

Anh D. Phan, Justyna Knapik-Kowalczuk, Marian Paluch, Trinh X. Hoang, and Katsunori Wakabayashi
Molecular Pharmaceutics 16, 2992−2998 (2019) - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 1543-8384
[17]

Protein escape at the ribosomal exit tunnel: Effects of native interactions, tunnel length, and macromolecular crowding

Phuong Thuy Bui and Trinh Xuan Hoang
Journal of Chemical Physics 149, 045102 (2018) - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 0021-9606
[18]

Sequence dependent aggregation of peptides and fibril formation

Nguyen Ba Hung, Duy-Manh Le, and Trinh X. Hoang
Journal of Chemical Physics 147, 105102 (2017) - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN: 0021-9606
[19]

Effective stiffness and formation of secondary structures in a protein-like model

Tatjana Škrbić, Trinh X. Hoang, and Achille Giacometti
Journal of Chemical Physics 145, 084904 (2016) - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN: 0021-9606
[20]

Effects of macromolecular crowding on protein folding

Bui Phuong Thuy, Hoang Thi Thu Huong and Trinh X Hoang
Journal of Physics: Conference Series 627, 012027 (2015) - Năm xuất bản: 2015; ISSN/ISBN: 1742-6596
[21]

Cascaded plasmon resonant field enhancement in protein-conjugated gold nanoparticles: Role of protein shell

Anh D. Phan, Trinh X. Hoang
Journal of Science: Advanced Materials and Devices 1, 61-64 (2016) - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN: 2468-2179
[22]

Folding and escape of nascent proteins at ribosomal exit tunnel

Phuong Thuy Bui and Trinh Xuan Hoang
Journal of Chemical Physics 144, 095102 (2016) - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN: 0021-9606
[23]

Phase diagram of the ground states of DNA condensates

Trinh X. Hoang, Hoa Lan Trinh, Achille Giacometti, Rudolf Podgornik, Jayanth R. Banavar, and Amos Maritan
Physical Review E (Rapid Communications) 92, 060701(R) (2015) - Năm xuất bản: 2015; ISSN/ISBN: 1539-3755
[24]

From toroidal to rod-like condensates of semiflexible polymers

Trinh Xuan Hoang, Achille Giacometti, Rudolf Podgornik, Nhung T. T. Nguyen, Jayanth R. Banavar, and Amos Maritan
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 140, 064902 (2014) - Năm xuất bản: 2014; ISSN/ISBN: 0021-9606
[25]

Surface plasmon resonances of protein-conjugated gold nanoparticles on graphitic substrates

Anh D. Phan, Trinh X. Hoang, Thi H. L. Nghiem, and Lilia M. Woods
Applied Physics Letters 103, 163702 (2013) - Năm xuất bản: 2013; ISSN/ISBN: 1077-3118
[26]

Aggregation of peptides in the tube model with correlated sidechain orientations

Nguyen Ba Hung and Trinh Xuan Hoang
Journal of Physics: Conference Series 627, 012028 (2015) - Năm xuất bản: 2015; ISSN/ISBN: 1742-6596
[27]

Folding of proteins in presculpted free energy landscape

Nguyen Ba Hung and Trinh Xuan Hoang
Communications in Physics 23 (4), (2013) - Năm xuất bản: 2013; ISSN/ISBN: 0868-3166
[28]

Effects of ribosomal exit tunnel on protein´s cotranslational folding

Bui Phuong Thuy and Trinh Xuan Hoang
Communications in Physics 23, 219-225 (2013) - Năm xuất bản: 2013; ISSN/ISBN: 0868-3166
[29]

Repulsive interactions of a lipid membrane with graphene in composite materials

Anh D. Phan, Trinh X. Hoang, The-Long Phan, and Lilia M. Woods
Journal of Chemical Physics 139, 184703 (2013) - Năm xuất bản: 2013; ISSN/ISBN: 0021-9606
[30]

Symmetry and Folded Structures of Biomolecules

T. X. Hoang, N. T. T. Nhung, J. R. Banavar, A. Maritan
4th International Conference on Biomedical Engineering in Vietnam, IFMBE Proceedings (Springer) 40, pp. 372–375, 2013 - Năm xuất bản: 2013; ISSN/ISBN: 1680-0737
[31]

Evolution of protein-protein interaction networks in duplication-divergence model

Bui Phuong Thuy, Trinh Xuan Hoang
Communications in Physics 22, 7-14 (2012) - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN: 0868-3166
[32]

Protein Sequence and Structure: Is One More Fundamental than the Other?

Jayanth R. Banavar, T. X. Hoang, F. Seno, A. Trovato, A. Maritan
Journal of Statistical Physics 148, 636 (2012) - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN: 0022-4715
[33]

Shapes of hydrophobic thick membranes

Trinh X. Hoang, Jayanth R. Banavar and Amos Maritan
Europhysics Letters 98, 56006 (2012) - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN: 0295-5075
[34]

Sequence repeats and protein structure

Trinh X. Hoang, Antonio Trovato, Flavio Seno, Jayanth R. Banavar, and Amos Maritan
Physical Review E: Rapid Communications 86, 050901(R) (2012) - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN: 1539-3755
[35]

Coarse grained description of protein folding

M. Cieplak, T. X. Hoang
Physical Review E 58, 3589-3596 (1998) - Năm xuất bản: 1998; ISSN/ISBN: 1539-3755
[36]

Protein folding and models of dynamics on the lattice

T. X. Hoang, M. Cieplak
Journal of Chemical Physics 109, 9192-9196 (1998) - Năm xuất bản: 1998; ISSN/ISBN: 0021-9606
[37]

Energy landscapes, supergraphs, and ‘‘folding funnels’’ in spin systems

P. Garstecki, T. X. Hoang, M. Cieplak
Physical Review E 60, 3219-3226 (1999) - Năm xuất bản: 1999; ISSN/ISBN: 1550-2376
[38]

Scaling of folding properties in simple models of proteins

M. Cieplak, T. X. Hoang, M. S. Li
Physical Review Letters 83, 1684-1687 (1999) - Năm xuất bản: 1999; ISSN/ISBN: 1079-7114
[39]

Transport properties through graphene grain boundaries: strain effects versus lattice symmetry

V. Hung Nguyen, Trinh X. Hoang, P. Dollfus and J.-C. Charlier
Nanoscale 8, 11658 (2016) - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN: 2040-3364
[40]

From polymers to proteins: the effect of side chains and broken symmetry on the formation of secondary structures within a Wang–Landau approach

Tatjana Skrbic, Artem Badasyan, Trinh Xuan Hoang, Rudolf Podgornik and Achille Giacometti
Soft Matter 12, 4783 (2016) - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN: 1744-683X
[41]

Sequencing of folding events in Go-type proteins

T. X. Hoang and M. Cieplak
Journal of Chemical Physics 113, 8319-8328, 2000 - Năm xuất bản: 2000; ISSN/ISBN: 0021-9606
[42]

Molecular dynamics of folding of secondary structures in Go-type models of proteins

T. X. Hoang and M. Cieplak
Journal of Chemical Physics 112, 6851-6862, 2000 - Năm xuất bản: 2000; ISSN/ISBN: 0021-9606
[43]

Kinetic non-optimality and vibrational stability of proteins

M. Cieplak and T. X. Hoang
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 44, 20-25, 2001 - Năm xuất bản: 2001; ISSN/ISBN: 0887-3585
[44]

The range of the contact interactions and the kinetics of the Go models of proteins

M. Cieplak, and T. X. Hoang
International Journal of Modern Physics C 13, 1231-1242, 2002 - Năm xuất bản: 2002; ISSN/ISBN: 0129-1831
[45]

Folding pathways of prion and doppel

G. Settanni, T. X. Hoang, C. Micheletti, and A. Maritan
Biophysical Journal 83, 3533-3541, 2002 - Năm xuất bản: 2002; ISSN/ISBN: 0006-3495
[46]

Folding and stretching in a Go-like model of titin

M. Cieplak, T. X. Hoang, and M. O. Robbins
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 49, 114-124, 2002 - Năm xuất bản: 2002; ISSN/ISBN: 0887-3585
[47]

Thermal folding and mechanical unfolding pathways of protein secondary structures

M. Cieplak, T. X. Hoang, and M. O. Robbins
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 49, 104-113, 2002 - Năm xuất bản: 2002; ISSN/ISBN: 0887-3585
[48]

Spin analogs of proteins: scaling of “folding” properties

T. X. Hoang, N. Sushko, M. S. Li, and M. Cieplak
Journal of Physics A 33, 3977-3987, 2000 - Năm xuất bản: 2000; ISSN/ISBN: 0305-4470
[49]

Prediction of protein secondary structures from conformational bias

T. X. Hoang, M. Cieplak, J. R. Banavar, and A. Maritan
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 48, 558-565, 2002 - Năm xuất bản: 2002; ISSN/ISBN: 0887-3585
[50]

Universality classes in protein folding times

M. Cieplak, and T. X. Hoang
Biophysical Journal 84, 475-488, 2003 - Năm xuất bản: 2003; ISSN/ISBN: 0006-3495
[51]

Assembly of protein tertiary structures from secondary structures using optimized potentials

T. X. Hoang, F. Seno, J. R. Banavar, M. Cieplak and A. Maritan
Proteins 52, 155-165, 2003 - Năm xuất bản: 2003; ISSN/ISBN: 0887-3585
[52]

Folding of proteins in Go models with angular interactions

M. Cieplak and T. X. Hoang
Physica A 330, 195-205, 2003 - Năm xuất bản: 2003; ISSN/ISBN: 0378-4371
[53]

Elasticity of semiflexible polymers with and without interactions

A. Rosa, T. X. Hoang, D. Marenduzzo and A. Maritan
Macromolecules 36, 10095-10102, 2003 - Năm xuất bản: 2003; ISSN/ISBN: 0024-9297
[54]

Geometry and symmetry pre-sculpt the free energy landscape of proteins

T. X. Hoang, A. Trovato, F. Seno, J. R. Banavar, and A. Maritan
Proceedings of the National Academy of Sciences of USA 101, 7960-7964, 2004 - Năm xuất bản: 2004; ISSN/ISBN: 0027-8424
[55]

Unified perspective on proteins: A physics approach

J. R. Banavar, T. X. Hoang, A. Maritan, F. Seno, and A. Trovato
Physical Review E 70, 041905, 2004 - Năm xuất bản: 2004; ISSN/ISBN: 1539-3755
[56]

First principles design of nanomachines

J. R. Banavar, M. Cieplak, T. X. Hoang, A. Maritan
Proceedings of the National Academy of Sciences of USA 106, 6900-6903, 2009 - Năm xuất bản: 2009; ISSN/ISBN: 0027-8424
[57]

Scaling of folding properties in Go models of proteins

M. Cieplak and T. X. Hoang
Journal of Biological Physics 26, 273-294, 2000 - Năm xuất bản: 2000; ISSN/ISBN: 0092-0606
[58]

Common attributes of native-state structures of proteins, disordered proteins, and amyloid

T. X. Hoang, L. Marsella, A. Trovato, F. Seno, J. R. Banavar, A. Maritan
Proceedings of the National Academy of Sciences of USA 130,6883-6888, 2006 - Năm xuất bản: 2006; ISSN/ISBN: 0027-8424
[59]

Structural motifs of biomolecules

J. R. Banavar, T. X. Hoang, J. H. Maddocks, et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of USA 104, 17283, 2007 - Năm xuất bản: 2007; ISSN/ISBN: 0027-8424
[60]

Symmetry, shape and order

A. Trovato, T. X. Hoang, J. R.Banavar, A. Maritan
Proceedings of the National Academy of Sciences of USA 104, 19187, 2007 - Năm xuất bản: 2007; ISSN/ISBN: 0027-8424
[61]

Thermal Effects in Stretching of Go-like Models of Titin and Secondary Structures

M. Cieplak, T. X. Hoang, and M. O. Robbins
Proteins 56, 285-297, 2004 - Năm xuất bản: 2004; ISSN/ISBN: 0887-3585
[62]

Stretching of homopolymers and contact order

M. Cieplak, T. X. Hoang, and M. O. Robbins
Physical Review E 70, 11917, 2004 - Năm xuất bản: 2004; ISSN/ISBN: 1539-3755
[63]

Stretching of proteins in the entropic limit

M. Cieplak, T. X. Hoang, and M. O. Robbins
Physical Review E 69, 11912, 2004 - Năm xuất bản: 2004; ISSN/ISBN: 1539-3755
[64]

Form of growing strings

D. Marenduzzo, T. X. Hoang, F. Seno, M. Vendruscolo and A. Maritan
Physical Review Letters 95, 098103, 2005 - Năm xuất bản: 2005; ISSN/ISBN: 0031-9007
[65]

Mechanical properties of the domains of titin in a Go-like model

M. Cieplak, A. Pastore and T. X. Hoang
Journal of Chemical Physics 112, 5906, 2005 - Năm xuất bản: 2005; ISSN/ISBN: 0021-9606
[66]

A new interpolation formula for semiflexible polymers

A. Rosa, T. X. Hoang, D. Marenduzzo and A. Maritan
Biophysical Chemistry 115,251-254, 2005 - Năm xuất bản: 2005; ISSN/ISBN: 0301-4622
[67]

Geometrical model for the native-state folds of proteins

T. X. Hoang, A. Trovato, F. Seno, J. R. Banavar, A.Maritan
Biophysical Chemistry 115,289-294, 2005 - Năm xuất bản: 2005; ISSN/ISBN: 0301-4622
[68]

What determines the structures of native folds of proteins?

A. Trovato, T. X. Hoang, J. R. Banavar, F. Seno, A. Maritan
Journal of Physics: Cond. Matt. 17, S1515-S1522, 2005 - Năm xuất bản: 2005; ISSN/ISBN: 0953-8984
[69]

Protein and polymers

J. R. Banavar, T. X. Hoang and A.Maritan
Journal of Chemical Physics 112, 234910, 2005 - Năm xuất bản: 2005; ISSN/ISBN: 0021-9606
[70]

Marginal compactness of protein native structures

T. X. Hoang, A. Trovato, F. Seno,J. R. Banavar and A. Maritan
Journal of Physics: Cond. Matt. 18,297-306, 2006 - Năm xuất bản: 2006; ISSN/ISBN: 0953-8984
[71]

Geometry of proteins: Hydrogen bonding, sterics, and marginally compact tubes

J. R. Banavar, M. Cieplak, A. Flammini, T. X. Hoang, et al.
Physical Review E 73, 31921, 2006 - Năm xuất bản: 2006; ISSN/ISBN: 1539-3755
[72]

Inference of the solvation energy parameters of amino acids using maximum entropy approach

T. X. Hoang, F. Seno, A. Trovato, J. R. Banavar, A. Maritan
Journal of Chemical Physics 129,35102, 2008 - Năm xuất bản: 2008; ISSN/ISBN: 0021-9606
[1]

Nghiên cứu mô hình hóa và tính toán về cuốn protein thuộc tính pha của các polymer sinh học và tương tác phân tử trong các hệ nano-bio

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia
Thời gian thực hiện: 04/2014 - 04/2016; vai trò: Chủ nhiệm nhiệm vụ
[2]

Động lực học và hành xử pha của các polymer sinh học trong các mô hình đơn giản

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia
Thời gian thực hiện: 01/04/2017 - 01/05/2019; vai trò: Chủ nhiệm nhiệm vụ
[3]

Nghiên cứu lý thuyết và mô phỏng về các phân tử sinh học và sự bám dính sinh học

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Quỹ phát triển khoa học tự nhiên và công nghệ quốc gia
Thời gian thực hiện: 01/04/2020 - 01/04/2023; vai trò: Chủ nhiệm nhiệm vụ
[4]

Mô hình hóa các phân tử sinh học và các hệ sinh học phức hợp

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia
Thời gian thực hiện: 01/2011 - 01/2014; vai trò: Chủ nhiệm đề tài
[5]

Nghiên cứu động học của quá trình cuốn protein bằng các phương pháp mô phỏng

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Bộ Khoa học và Công nghệ
Thời gian thực hiện: 01/2006 - 12/2008; vai trò: Chủ nhiệm đề tài