Thông tin nhà nghiên cứu KH&CN

Mã NNC: CB.045296

TS Nguyễn Trung Hải

Cơ quan/đơn vị công tác: Trường Đại học Tôn Đức Thắng

Lĩnh vực nghiên cứu: Vật lý nguyên tử, vật lý phân tử và vật lý hóa học,

  • Danh sách các Bài báo/Công bố KH&CN
  • Danh sách các Nhiệm vụ KH&CN đã tham gia
[1]

Upgrading nirmatrelvir to inhibit SARS-CoV-2 Mpro via DeepFrag and free energy calculations

Nguyen Minh Tam, Trung Hai Nguyen, Minh Quan Pham, Nam Dao Hong, Nguyen Thanh Tung, Van V Vu, Duong Tuan Quang, Son Tung Ngo
Journal of Molecular Graphics and Modelling 124, 108535 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN: 1093-3263
[2]

Machine learning combines atomistic simulations to predict SARS-CoV-2 Mpro inhibitors from natural compounds

Trung Hai Nguyen, Quynh Mai Thai, Minh Quan Pham, Pham Thi Hong Minh, Huong Thi Thu Phung
Molecular Diversity 1-9 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN: 1573-501X
[3]

Searching for potential inhibitors of SARS-COV-2 main protease using supervised learning and perturbation calculations

Trung Hai Nguyen, Nguyen Minh Tam, Mai Van Tuan, Peng Zhan, Van V Vu, Duong Tuan Quang, Son Tung Ngo
Chemical Physics 564, 111709 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN: 0301-0104
[4]

Bayesian regression and model selection for isothermal titration calorimetry with enantiomeric mixtures

Trung Hai Nguyen, Van NT La, Kyle Burke, David DL Minh
Plos one 17 (9), e0273656 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1932-6203
[5]

Searching for AChE inhibitors from natural compounds by using machine learning and atomistic simulations

Quynh Mai Thai, T Ngoc Han Pham, Dinh Minh Hiep, Minh Quan Pham, Phuong-Thao Tran, Trung Hai Nguyen, Son Tung Ngo
Journal of Molecular Graphics and Modelling 115, 108230 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1093-3263
[6]

Identifying possible AChE inhibitors from drug-like molecules via machine learning and experimental studies

Trung Hai Nguyen, Phuong-Thao Tran, Ngoc Quynh Anh Pham, Van-Hai Hoang, Dinh Minh Hiep, Son Tung Ngo
ACS omega 7, 20673-20682 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 2470-1343
[7]

Effect of Cholesterol Molecules on Aβ1-42 wild-type and mutants trimers

Trung Hai Nguyen, Phuong H Nguyen, Son Tung Ngo, Philippe Derreumaux
Molecules 27, 1395 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1420-3049
[8]

Improving ligand‐ranking of AutoDock Vina by changing the empirical parameters

T Ngoc Han Pham, Trung Hai Nguyen, Nguyen Minh Tam, Thien Y. Vu, Nhat Truong Pham, Nguyen Truong Huy, Binh Khanh Mai, Nguyen Thanh Tung, Minh Quan Pham, Van V. Vu, Son Tung Ngo
Journal of Computational Chemistry 43, 160-169 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1096-987X
[9]

Unbinding ligands from SARS-CoV-2 Mpro via umbrella sampling simulations

Nguyen Minh Tam, Trung Hai Nguyen, Vu Thi Ngan, Nguyen Thanh Tung, Son Tung Ngo
Royal Society Open Science 9, 211480 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 2054-5703
[10]

Insights into the binding and covalent inhibition mechanism of PF-07321332 to SARS-CoV-2 M pro

Son Tung Ngo, Trung Hai Nguyen, Nguyen Thanh Tung, Binh Khanh Mai
RSC advances 12 3729-3737 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 2046-2069
[11]

Benchmark of Popular Free Energy Approaches Revealing the Inhibitors Binding to SARS-CoV-2 Mpro

Son Tung Ngo, Nguyen Minh Tam, Minh Quan Pham, Trung Hai Nguyen
Journal of chemical information and modeling 61, 2302-2312 - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN: 1549-9596
[12]

Oversampling Free Energy Perturbation Simulation in Determination of the Ligand‐Binding Free Energy

Son Tung Ngo, Trung Hai Nguyen, Nguyen Thanh Tung, Pham Cam Nam, Khanh B Vu, Van V Vu
Journal of computational chemistry 41, 611-618 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN: 1096-987X
[13]

Rapid prediction of possible inhibitors for SARS-CoV-2 main protease using docking and FPL simulations

Minh Quan Pham, Khanh B Vu, T Ngoc Han Pham, Linh Hoang Tran, Nguyen Thanh Tung, Van V Vu, Trung Hai Nguyen, Son Tung Ngo
Rsc Advances 10, 53 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN: 2046-2069
[14]

Autodock vina adopts more accurate binding poses but autodock4 forms better binding affinity

Nguyen Thanh Nguyen, Trung Hai Nguyen, T Ngoc Han Pham, Nguyen Truong Huy, Mai Van Bay, Minh Quan Pham, Pham Cam Nam, Van V Vu, Son Tung Ngo
Journal of Chemical Information and Modeling 60, 204-211 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 1549-9596
[15]

Nonequilibrium path-ensemble averages for symmetric protocols

Trung Hai Nguyen, Van Ngo, João Paulo Castro Zerba, Sergei Noskov, David DL Minh
The Journal of chemical physics 151, 194103 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 0021-9606
[16]

Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Polyaminocarboxylate Ligand‐Based Theranostic Conjugates for Antibody‐Targeted Cancer Therapy and Near‐Infrared Optical Imaging

Siyuan Ren, Xiang Sun, Haixing Wang, Trung Hai Nguyen, Negar Sadeghipour, Xiaochun Xu, Chi Soo Kang, Yujie Liu, Hua Xu, Ningjie Wu, Yanda Chen, Kenneth Tichauer, David DL Minh, Hyun‐Soon Chong
ChemMedChem 13, 2606-2617 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 1860-7187
[17]

Bayesian analysis of isothermal titration calorimetry for binding thermodynamics

Trung Hai Nguyen , Ariën S. Rustenburg , Stefan G. Krimmer, Hexi Zhang, John D. Clark, Paul A. Novick, Kim Branson, Vijay S. Pande, John D. Chodera, David D. L. Minh
PLoS ONE 13(9): e0203224 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 1932-6203
[18]

Using the fast fourier transform in binding free energy calculations

Trung Hai Nguyen, Huan‐Xiang Zhou, David DL Minh
Journal of computational chemistry, 39, 621-636 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN: 1096-987X
[19]

Implicit ligand theory for relative binding free energies

Trung Hai Nguyen, David DL Minh
The Journal of chemical physics, 148, 104114 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 0021-9606
[20]

Interfacial water molecules at biological membranes: Structural features and role for lateral proton diffusion

Trung Hai Nguyen, Chao Zhang, Ewald Weichselbaum, Denis G Knyazev, Peter Pohl, Paolo Carloni
PloS one, 13, e0193454 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 1932-6203
[21]

Origin of proton affinity to membrane/water interfaces

Ewald Weichselbaum, Maria Österbauer, Denis G Knyazev, Oleg V Batishchev, Sergey A Akimov, Trung Hai Nguyen, Chao Zhang, Günther Knör, Noam Agmon, Paolo Carloni, Peter Pohl
Scientific reports, 7, 4553 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN: 2045-2322
[22]

Absolute binding free energies between T4 lysozyme and 141 small molecules: calculations based on multiple rigid receptor configurations

Bing Xie, Trung Hai Nguyen, David DL Minh
Journal of chemical theory and computation, 13, 2930-2944 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN: 1549-9626
[23]

Intermediate Thermodynamic States Contribute Equally to Free Energy Convergence: A Demonstration with Replica Exchange

Trung Hai Nguyen, David DL Minh
Journal of chemical theory and computation, 12, 2154-2161 - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN: 1549-9626
[24]

Structural biology of cisplatin complexes with cellular targets: the adduct with human copper chaperone atox1 in aqueous solution

Vania Calandrini, Trung Hai Nguyen, Fabio Arnesano, Angela Galliani, Emiliano Ippoliti, Paolo Carloni, Giovanni Natile
Chemistry–A European Journal, 20, 11719-11725 - Năm xuất bản: 2014; ISSN/ISBN: 1521-3765
[25]

Molecular Recognition of Platinated DNA from Chromosomal HMGB1

Trung Hai Nguyen, Giulia Rossetti, Fabio Arnesano, Emiliano Ippoliti, Giovanni Natile, Paolo Carloni
Journal of chemical theory and computation, 10, 3578-3584 - Năm xuất bản: 2014; ISSN/ISBN: 1549-9626
[26]

Platination of the copper transporter ATP7A involved in anticancer drug resistance

Vania Calandrini, Fabio Arnesano, Angela Galliani, Trung Hai Nguyen, Emiliano Ippoliti, Paolo Carloni, Giovanni Natile
Dalton transactions, 43, 12085-12094 - Năm xuất bản: 2014; ISSN/ISBN: 1477-9234
[27]

Structural determinants of cisplatin and transplatin binding to the Met-rich motif of Ctr1: A computational spectroscopy approach

Trung Hai Nguyen, Fabio Arnesano, Simone Scintilla, Giulia Rossetti, Emiliano Ippoliti, Paolo Carloni, Giovanni Natile
Journal of chemical theory and computation, 8, 2912-2920 - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN: 1549-9626
[28]

Water at hydrophobic interfaces delays proton surface-to-bulk transfer and provides a pathway for lateral proton diffusion

Chao Zhang, Denis G Knyazev, Yana A Vereshaga, Emiliano Ippoliti, Trung Hai Nguyen, Paolo Carloni, Peter Pohl
Proceedings of the National Academy of Sciences, 109, 9744-9749 - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN: 1091-6490
[29]

Cubic and non cubic multiple-q states in the Heisenberg antiferromagnet on the pyrochlore lattice

Tsuyoshi Okubo, Trung Hai Nguyen, Hikaru Kawamura
Physical Review B, 84, 144432 - Năm xuất bản: 2011; ISSN/ISBN: 2469-9969
[30]

Tetrahedral↔ octahedral network structure transition in simulated vitreous SiO2

Vo Van Hoang, Nguyen Trung Hai, Hoang Zung
Physics Letters A, 356, 246-250 - Năm xuất bản: 2006; ISSN/ISBN: 1873-2429
[31]

Diffusion and dynamical heterogeneity in simulated liquid SiO2 under high pressure

Vo Van Hoang, Hoang Zung, Nguyen Trung Hai
Journal of Physics: Condensed Matter, 19, 116104 - Năm xuất bản: 2007; ISSN/ISBN: 1361-648X
[32]

Characterizing the ligand-binding affinity toward SARS-CoV-2 Mpro via physics-and knowledge-based approaches

Son Tung Ngo, Trung Hai Nguyen, Nguyen Thanh Tung, Van V Vu, Minh Quan Pham, Binh Khanh Mai
Physical Chemistry Chemical Physics 24 (48), 29266-29278 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1463-9084
[1]

Cơ chế di chuyển của ion Ca2+ qua các cấu trúc giống kênh ion tạo bởi các peptit Aβ xuyên màng: nghiên cứu in silico

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí:
Thời gian thực hiện: 01/09/2019 - 01/09/2021; vai trò: Thành viên