Thông tin nhà nghiên cứu KH&CN
Mã NNC: CB.045296
TS Nguyễn Trung Hải
Cơ quan/đơn vị công tác: Trường Đại học Tôn Đức Thắng
Lĩnh vực nghiên cứu: Vật lý nguyên tử, vật lý phân tử và vật lý hóa học,
- Danh sách các Bài báo/Công bố KH&CN
- Danh sách các Nhiệm vụ KH&CN đã tham gia
[1] |
Upgrading nirmatrelvir to inhibit SARS-CoV-2 Mpro via DeepFrag and free energy calculations Nguyen Minh Tam, Trung Hai Nguyen, Minh Quan Pham, Nam Dao Hong, Nguyen Thanh Tung, Van V Vu, Duong Tuan Quang, Son Tung NgoJournal of Molecular Graphics and Modelling 124, 108535 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN: 1093-3263 |
[2] |
Machine learning combines atomistic simulations to predict SARS-CoV-2 Mpro inhibitors from natural compounds Trung Hai Nguyen, Quynh Mai Thai, Minh Quan Pham, Pham Thi Hong Minh, Huong Thi Thu PhungMolecular Diversity 1-9 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN: 1573-501X |
[3] |
Searching for potential inhibitors of SARS-COV-2 main protease using supervised learning and perturbation calculations Trung Hai Nguyen, Nguyen Minh Tam, Mai Van Tuan, Peng Zhan, Van V Vu, Duong Tuan Quang, Son Tung NgoChemical Physics 564, 111709 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN: 0301-0104 |
[4] |
Bayesian regression and model selection for isothermal titration calorimetry with enantiomeric mixtures Trung Hai Nguyen, Van NT La, Kyle Burke, David DL MinhPlos one 17 (9), e0273656 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1932-6203 |
[5] |
Searching for AChE inhibitors from natural compounds by using machine learning and atomistic simulations Quynh Mai Thai, T Ngoc Han Pham, Dinh Minh Hiep, Minh Quan Pham, Phuong-Thao Tran, Trung Hai Nguyen, Son Tung NgoJournal of Molecular Graphics and Modelling 115, 108230 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1093-3263 |
[6] |
Identifying possible AChE inhibitors from drug-like molecules via machine learning and experimental studies Trung Hai Nguyen, Phuong-Thao Tran, Ngoc Quynh Anh Pham, Van-Hai Hoang, Dinh Minh Hiep, Son Tung NgoACS omega 7, 20673-20682 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 2470-1343 |
[7] |
Effect of Cholesterol Molecules on Aβ1-42 wild-type and mutants trimers Trung Hai Nguyen, Phuong H Nguyen, Son Tung Ngo, Philippe DerreumauxMolecules 27, 1395 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1420-3049 |
[8] |
Improving ligand‐ranking of AutoDock Vina by changing the empirical parameters T Ngoc Han Pham, Trung Hai Nguyen, Nguyen Minh Tam, Thien Y. Vu, Nhat Truong Pham, Nguyen Truong Huy, Binh Khanh Mai, Nguyen Thanh Tung, Minh Quan Pham, Van V. Vu, Son Tung NgoJournal of Computational Chemistry 43, 160-169 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1096-987X |
[9] |
Unbinding ligands from SARS-CoV-2 Mpro via umbrella sampling simulations Nguyen Minh Tam, Trung Hai Nguyen, Vu Thi Ngan, Nguyen Thanh Tung, Son Tung NgoRoyal Society Open Science 9, 211480 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 2054-5703 |
[10] |
Insights into the binding and covalent inhibition mechanism of PF-07321332 to SARS-CoV-2 M pro Son Tung Ngo, Trung Hai Nguyen, Nguyen Thanh Tung, Binh Khanh MaiRSC advances 12 3729-3737 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 2046-2069 |
[11] |
Benchmark of Popular Free Energy Approaches Revealing the Inhibitors Binding to SARS-CoV-2 Mpro Son Tung Ngo, Nguyen Minh Tam, Minh Quan Pham, Trung Hai NguyenJournal of chemical information and modeling 61, 2302-2312 - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN: 1549-9596 |
[12] |
Oversampling Free Energy Perturbation Simulation in Determination of the Ligand‐Binding Free Energy Son Tung Ngo, Trung Hai Nguyen, Nguyen Thanh Tung, Pham Cam Nam, Khanh B Vu, Van V VuJournal of computational chemistry 41, 611-618 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN: 1096-987X |
[13] |
Rapid prediction of possible inhibitors for SARS-CoV-2 main protease using docking and FPL simulations Minh Quan Pham, Khanh B Vu, T Ngoc Han Pham, Linh Hoang Tran, Nguyen Thanh Tung, Van V Vu, Trung Hai Nguyen, Son Tung NgoRsc Advances 10, 53 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN: 2046-2069 |
[14] |
Autodock vina adopts more accurate binding poses but autodock4 forms better binding affinity Nguyen Thanh Nguyen, Trung Hai Nguyen, T Ngoc Han Pham, Nguyen Truong Huy, Mai Van Bay, Minh Quan Pham, Pham Cam Nam, Van V Vu, Son Tung NgoJournal of Chemical Information and Modeling 60, 204-211 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 1549-9596 |
[15] |
Nonequilibrium path-ensemble averages for symmetric protocols Trung Hai Nguyen, Van Ngo, João Paulo Castro Zerba, Sergei Noskov, David DL MinhThe Journal of chemical physics 151, 194103 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN: 0021-9606 |
[16] |
Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Polyaminocarboxylate Ligand‐Based Theranostic Conjugates for Antibody‐Targeted Cancer Therapy and Near‐Infrared Optical Imaging Siyuan Ren, Xiang Sun, Haixing Wang, Trung Hai Nguyen, Negar Sadeghipour, Xiaochun Xu, Chi Soo Kang, Yujie Liu, Hua Xu, Ningjie Wu, Yanda Chen, Kenneth Tichauer, David DL Minh, Hyun‐Soon ChongChemMedChem 13, 2606-2617 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 1860-7187 |
[17] |
Bayesian analysis of isothermal titration calorimetry for binding thermodynamics Trung Hai Nguyen , Ariën S. Rustenburg , Stefan G. Krimmer, Hexi Zhang, John D. Clark, Paul A. Novick, Kim Branson, Vijay S. Pande, John D. Chodera, David D. L. MinhPLoS ONE 13(9): e0203224 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 1932-6203 |
[18] |
Using the fast fourier transform in binding free energy calculations Trung Hai Nguyen, Huan‐Xiang Zhou, David DL MinhJournal of computational chemistry, 39, 621-636 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN: 1096-987X |
[19] |
Implicit ligand theory for relative binding free energies Trung Hai Nguyen, David DL MinhThe Journal of chemical physics, 148, 104114 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 0021-9606 |
[20] |
Interfacial water molecules at biological membranes: Structural features and role for lateral proton diffusion Trung Hai Nguyen, Chao Zhang, Ewald Weichselbaum, Denis G Knyazev, Peter Pohl, Paolo CarloniPloS one, 13, e0193454 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN: 1932-6203 |
[21] |
Origin of proton affinity to membrane/water interfaces Ewald Weichselbaum, Maria Österbauer, Denis G Knyazev, Oleg V Batishchev, Sergey A Akimov, Trung Hai Nguyen, Chao Zhang, Günther Knör, Noam Agmon, Paolo Carloni, Peter PohlScientific reports, 7, 4553 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN: 2045-2322 |
[22] |
Absolute binding free energies between T4 lysozyme and 141 small molecules: calculations based on multiple rigid receptor configurations Bing Xie, Trung Hai Nguyen, David DL MinhJournal of chemical theory and computation, 13, 2930-2944 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN: 1549-9626 |
[23] |
Intermediate Thermodynamic States Contribute Equally to Free Energy Convergence: A Demonstration with Replica Exchange Trung Hai Nguyen, David DL MinhJournal of chemical theory and computation, 12, 2154-2161 - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN: 1549-9626 |
[24] |
Structural biology of cisplatin complexes with cellular targets: the adduct with human copper chaperone atox1 in aqueous solution Vania Calandrini, Trung Hai Nguyen, Fabio Arnesano, Angela Galliani, Emiliano Ippoliti, Paolo Carloni, Giovanni NatileChemistry–A European Journal, 20, 11719-11725 - Năm xuất bản: 2014; ISSN/ISBN: 1521-3765 |
[25] |
Molecular Recognition of Platinated DNA from Chromosomal HMGB1 Trung Hai Nguyen, Giulia Rossetti, Fabio Arnesano, Emiliano Ippoliti, Giovanni Natile, Paolo CarloniJournal of chemical theory and computation, 10, 3578-3584 - Năm xuất bản: 2014; ISSN/ISBN: 1549-9626 |
[26] |
Platination of the copper transporter ATP7A involved in anticancer drug resistance Vania Calandrini, Fabio Arnesano, Angela Galliani, Trung Hai Nguyen, Emiliano Ippoliti, Paolo Carloni, Giovanni NatileDalton transactions, 43, 12085-12094 - Năm xuất bản: 2014; ISSN/ISBN: 1477-9234 |
[27] |
Structural determinants of cisplatin and transplatin binding to the Met-rich motif of Ctr1: A computational spectroscopy approach Trung Hai Nguyen, Fabio Arnesano, Simone Scintilla, Giulia Rossetti, Emiliano Ippoliti, Paolo Carloni, Giovanni NatileJournal of chemical theory and computation, 8, 2912-2920 - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN: 1549-9626 |
[28] |
Water at hydrophobic interfaces delays proton surface-to-bulk transfer and provides a pathway for lateral proton diffusion Chao Zhang, Denis G Knyazev, Yana A Vereshaga, Emiliano Ippoliti, Trung Hai Nguyen, Paolo Carloni, Peter PohlProceedings of the National Academy of Sciences, 109, 9744-9749 - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN: 1091-6490 |
[29] |
Cubic and non cubic multiple-q states in the Heisenberg antiferromagnet on the pyrochlore lattice Tsuyoshi Okubo, Trung Hai Nguyen, Hikaru KawamuraPhysical Review B, 84, 144432 - Năm xuất bản: 2011; ISSN/ISBN: 2469-9969 |
[30] |
Tetrahedral↔ octahedral network structure transition in simulated vitreous SiO2 Vo Van Hoang, Nguyen Trung Hai, Hoang ZungPhysics Letters A, 356, 246-250 - Năm xuất bản: 2006; ISSN/ISBN: 1873-2429 |
[31] |
Diffusion and dynamical heterogeneity in simulated liquid SiO2 under high pressure Vo Van Hoang, Hoang Zung, Nguyen Trung HaiJournal of Physics: Condensed Matter, 19, 116104 - Năm xuất bản: 2007; ISSN/ISBN: 1361-648X |
[32] |
Characterizing the ligand-binding affinity toward SARS-CoV-2 Mpro via physics-and knowledge-based approaches Son Tung Ngo, Trung Hai Nguyen, Nguyen Thanh Tung, Van V Vu, Minh Quan Pham, Binh Khanh MaiPhysical Chemistry Chemical Physics 24 (48), 29266-29278 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN: 1463-9084 |
[1] |
Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Thời gian thực hiện: 01/09/2019 - 01/09/2021; vai trò: Thành viên |