Phân lập cDNA, thiết kế được vector và biến nạp thành công 7 gen CR có khả năng liên quan đến sự phát triển bộ rễ vào giống lúa crl1 và TC65. Phân lập và thiết kế thành công 6 vector biểu hiện mang promoter của các gen CR. Phân lập và thiết kế được vector biểu hiện của 8 promoter có khả năng cảm ứng hạn. Các cấu trúc gen đã được biến nạp thành công vào giống lúa mô hình Nipponbare. Kết quả này đặc biệt có ý nghĩa với các nhà chọn tạo giống lúa, đặc biệt là với các nhà chọn tạo giống có mong muốn khai thác nguồn gen lúa bản địa Việt Nam. Xây dựng và ứng dụng thành công quy trình đánh giá cấu trúc bộ rễ và khả năng kháng hạn của các giống nghiên cứu. Bộ dữ liệu về cấu trúc bộ rễ, khả năng chịu hạn của các giống nghiên cứu là cơ sở dữ liệu cho các nhà chọn tạo giống lựa chọn các giống có kiểu hình tương phản để tiến hành các phép lai giữa các giống ưu tú được lựa chọn. Kết quả đánh giá đa dạng alen sử dụng phương pháp GBS, đã xây dựng được một bộ dữ liệu genotyping với 25971 marker cho chỉ số đa hình (PIC) biến động từ 1% đến 50%, chỉ số đa hình trung bình là 32.0%. Đây là bộ dữ liệu mở, có thể được tiếp tục sử dụng vào nhiều mục đích nghiên cứu khác nhau, đặc biệt là việc thiết lập các QTLs liên quan đến các tính trạng về năng suất, về đặc điểm cấu trúc bông, về chất lượng hạt, về khả năng chống chịu với sâu bệnh và điều kiện ngoại cảnh bất lợi,... Xác định được mức độ đa dạng và mối quan hệ gần gũi về di truyền của các giống lúa trong tập đoàn nghiên cứu với hai loài phụ indica (114 giống), japonica (62 giống). Sau khi loại trừ các QTLs bị trùng lặp giữa các nhóm vật liệu nghiên cứu một danh sách gồm 89 qtls đã được xác định.Có 03 vùng có nhiều QTLs tập trung gần nhau trên cùng nhiễm sắc thể lần lượt được xác định là QTLs liên kết với tính trạng số lượng rễ lúa (NCR) trên NST số 11, QTLs liên kết với tính trạng đường kính rễ (THK) trên NST số 2, và QTLs liên quan đến tính trạng khối lượng khô của toàn bộ rễ lúa (RDW) trên NST số 6. Căn cứ vào vị trí của các marker trên nhiễm sắc thể và kết quả phân tích LD (linkage disequilibrium), nhóm nghiên cứu đã xác định được tổng số 889 gen nằm trong khoảng +/-25 kb kể từ vị trí của marker, trong đó có 407 gen đã được xác định chức năng. So sánh với các kết quả đã công bố,chúng tôi xác định được có 24 gen đã có các công bố về nghiên cứu và chứng minh chức năng hóa sinh và sinh học liên quan đến các tính trạng về cấu trúc bộ rễ. Sử dụng các phương pháp tin sinh học khác nhau trên bộ dữ liệu giải mã của 4 giống lúa bản địa Việt Nam, đề tài đã xác định có 1 alen nằm trên vị trí (8569030: A->G) của gen LOC_Os11g15190 gây nên sự biến đổi của protein, dẫn tới việc hình thành ít rễ thứ cấp.