Tính kháng bệnh gỉ sắt ở đậu tương do nấm Phakopsora pachyrhizi Sydow gây ra được phát hiện và quy định bởi 5 gen đơn trội là: Rpp1, Rpp2, Rpp3, Rpp4 và Rpp5. Nghiên cứu khả năng kháng nhiễm với bệnh gỉ sắt đậu tương ở Việt Nam của các dòng đậu tương mang gen chuẩn kháng cho thấy, các gen kháng Rpp2, Rpp4 là các gen kháng tốt với bệnh gỉ sắt đậu tương ở Việt Nam, gen kháng Rpp5 kháng tốt với nguồn bệnh thuộc khu vực phía Nam Việt Nam. Các gen kháng này được tiến hành lựa chọn các chỉ thị phân tử liên kết trên cơ sở phân tích quần thể lai phân tích giữa các dòng đậu tương mang gen à kháng bệnh với các dòng không mang gen và mẫn cảm với bệnh cho thấy, chỉ thị Satt620, Satt288 và Satt_275 được xác định lần lượt liên kết chặt với gen và mẫn cảm với bệnh Rpp5 với khoảng cách di truyền tương ứng là 3,33cM và 4,16 cM. Các chỉ thị này được sử dụng để nhận diện và chọn lọc các gen kháng trong nguồn gen và một số tổ hợp phân ly F2, phục vụ chọn tạo giống đậu tương kháng bệnh gỉ sắt ở Việt Nam.