



Lê Thị Tuyết, Nguyễn Thị Trung Thu; Lê Thị Tuyết(1);
PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH KIỂU GEN VÀ TẦN SỐ ALEN CỦA ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN RS12970134 GẦN THỤ THỂ MELANOCORTIN-4 Ở TRẺ MẦM NON TẠI HÀ NỘI
GENOTYPING METHOD AND FREQUENCY OF SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM RS12970134 NEAR MC4R GENOTYPES IN VIETNAM PRESCHOOL CHIDREN POPULATION
Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên
2020
05
Thụ thể Melanocortin-4 có liên quan đến bệnh béo phì, kháng insulin do đóng vai trò quan trọng trong việc điều hòa lượng thức ăn ăn vào, cân bằng nội môi và khối lượng cơ thể. Mục tiêu của nghiên cứu này là xây dựng được phương pháp AS-PCR phân tích kiểu gen của đa hình nucleotide đơn rs12970134 gần thụ thể Melanocortin-4 và xác định tỉ lệ alen của đa hình nucleotide đơn này ở trẻ em 3-5 tuổi tại Hà Nội. Nghiên cứu đã thiết kế được các đoạn mồi để xác định alen của đa hình nucleotide đơn rs12970314 gồm mồi xuôi phát hiện alen G 5'-tcttaccaaacaaagcatgtg-3', phát hiện alen A 5'-tcttaccaaacaaagcatgta-3'; và mồi ngược 5'-gtcattcccactaccacctg-3'. Chu trình nhiệt của phản ứng PCR được tối ưu hóa là 94oC (3 phút) và 34 chu kỳ biến tính ở 94oC (30 giây), gắn mồi ở 54oC (40 giây), kéo dài ở 72oC (30 giây), bước kéo dài cuối ở 72oC (8 phút), kết thúc ở 4oC. Sản phẩm PCR 208 bp được phát hiện trên gel agarose 2,5% nhuộm redsafe. Kiểu gen được kiểm tra bằng phương pháp giải trình tự gen. Trong toàn bộ mẫu, tỉ lệ kiểu gen GG là lớn nhất (57,5%) và AA là thấp nhất (4%). Tần số của các alen G và A lần lượt là 0,77 và 0,23.
Melanocortin-4 receptor is part of the central melanocortinergic system and plays critical roles in central regulation of food intake, energy homeostasis and body weight, so that this gene is related to obesity and insulin resistance including single nucleotide polymorphism rs12970134. Thus, this study aimed to find out a protocol for genotyping rs12970134 near Melanocortin-4 receptor by AS-PCR method, analyzing the genotype and allele ratios of this single nucleotide polymorphism in 200 3-5 years old children in Hanoi, Vietnam (50% boys). This protocol used the forward primers including 5’-tcttaccaaacaaagcatgtg-3’ to detect allele G, and 5’-tcttaccaaacaaagcatgta-3’ to detect allele A; and the reverse primer 5’-gtcattcccactaccacctg-3’. The optimized PCR protocol was that 94oC for 3 min and 34 cycles of denaturation at 94oC for 30 sec, primer annealing at 54oC for 40 sec, primer extension at 72oC for 30 sec, final extension at 72oC for 8 min, stopped by chilling at 4oC. The 208 bp PCR products were detected on Redsafe-stained 2.5% agarose gel. The results were verified by using the sequencing method. In the entire samples, the GG genotype was the largest (57.5%), and the AA genotype was the lowest (4%). The frequencies of the G and A alleles were 0.77 and 0.23, respectively.