- Các báo cáo về phân loại, hệ thống hoá, đánh giá giá trị các di tích kiến trúc tại Quần thể di tích danh thắng Yên Tử, bao gồm: Báo cáo tình hình nghiên cứu cơ sở lý luận về di sản văn hóa tại Quần thể di tích danh thắng Yên Tử; Các định nghĩa, khái niệm về di tích, di tích kiến trúc và di tích cảnh quan làm cơ sở cho việc xác định nội hàm nghiên cứu; Báo cáo sưu tầm tài liệu, phân loại, phân  tích đánh giá kết quả  (niên đại, vật liệu, địa điểm, công năng...) và hệ thống hóa các loại hình di tích kiến trúc tại Quần thể di tích danh thắng Yên Tử (4 khu di tích); Báo cáo sưu tầm, phân  tích đánh giá kết quả số lượng các di tích tại 4 khu di tích Quần thể di tích danh thắng Yên Tử; Bản đồ phân bố số lượng các di tích tại Quần thể di tích danh thắng Yên Tử; Báo cáo đặc điểm bố cục không gian cảnh quan các di tích tại Khu di tích Yên Tử; Báo cáo đặc điểm bố cục không gian cảnh quan các di tích tại Khu di tích nhà Trần Đông Triều; Báo cáo đặc điểm bố cục không gian cảnh quan các di tích tại Khu di tích Tây Yên Tử; Báo cáo đặc điểm bố cục không gian cảnh quan các di tích tại Côn Sơn Kiếp Bạc và chùa Thanh Mai; Báo cáo tổng hợp đánh giá giá trị hệ thống di tích kiến trúc tại Quần thể di tích danh thắng Yên Tử.
- Hồ sơ khoa học (hồ sơ viết, hồ sơ ảnh và hồ sơ bản vẽ), hệ thống di tích kiến trúc cảnh quan tiêu biểu của 40 di tích gồm Khu di tích Yên Tử (11 di tích: Chùa Bí Thượng, Chùa Suối Tắm, Chùa Cầm Thực, Chùa Lân, Chùa Giải Oan, Chùa Hoa Yên, Chùa Một Mái, Am Ngự Dược, am Thung,Chùa Bảo Sái, Chùa Vân Tiêu, Chùa Đồng), Khu di tích nhà Trần Đông Triều (16 di tích: Các di tích kiến trúc: Am-chùa Ngọa Vân, Chùa Quỳnh Lâm, Am Mộc Cảo, Chùa Trung Tiết, Chùa Hồ Thiên, Chùa-quán Ngọc Thanh, Chùa Trại Cắp, Đền An Sinh, Đền Thái; Hệ thống Lăng tẩm tổ tiên nhà Trần: Lăng Tư Phúc, Thái lăng, Mục lăng, Ngải Sơn lăng, Phụ Sơn lăng, Nguyên lăng, Hy lăng), Khu di tích Tây Yên Tử (8 di tích: 5 di tích Phật giáo Trúc Lâm trên địa bàn huyện Lục Nam chùa Cao, chùa Hòn Tháp, chùa Non, chùa Bình Long, chùa Hồ Bấc, chùa Mã Yên và khu di tích-danh thắng Suối Mỡ, 1 di tích Phật giáo Trúc Lâm trên địa bàn huyện Lục Ngạn chùa Am Vãi, chùa Vĩnh Nghiêm, chùa Bổ Đà), Các di tích tại Hải Dương gồm 6 di tích (chùa Trăm Gian Hải Dương, chùa Côn Sơn, đền Kiếp Bạc, đền thờ Nguyễn Trãi, đền thờ Trần Nguyên Hãn, đền thờ Trần Nguyên Đán, chùa Thanh Mai).
- Các báo cáo đánh giá tình trạng bảo tồn và phát huy giá trị các di tích kiến trúc tại Quần thể di tích danh thắng Yên Tử, bao gồm: Báo cáo đánh giá tình trạng bảo tồn các di tích kiến trúc tại Khu di tích Yên Tử; Báo cáo đánh giá tình trạng bảo tồn các di tích kiến trúc tại Khu di tích nhà Trần Đông Triều; Báo cáo đánh giá tình trạng bảo tồn các di tích kiến trúc tại Khu di tích Tây Yên Tử; Báo cáo đánh giá tình trạng bảo tồn các di tích kiến trúc tại Khu di tích Côn Sơn Kiếp Bạc; Báo cáo đánh giá nguồn lực trong quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị các di tích kiến trúc trong Quần thể di tích danh thắng Yên Tử; Báo cáo đánh giá thực trạng công tác bảo tồn và phát huy giá trị các di tích kiến trúc trong Quần thể di tích danh thắng Yên Tử; Báo cáo đánh giá mức độ tham gia của cộng đồng trong bảo tồn và phát huy giá trị các di tích kiến trúc trong Quần thể di tích danh thắng Yên Tử.
- Các báo cáo đánh giá các nguy cơ tác động tới các di tích kiến trúc trong Quần thể di tích danh thắng Yên Tử, bao gồm: Báo cáo đánh giá các nguy cơ trong quá trình phát triển kinh tế xã hội của địa phương; Báo cáo đánh giá các nguy cơ trong quá trình phát huy giá trị di tích, khai thác phát triển du lịch; Báo cáo đánh giá các nguy cơ từ tự nhiên tác động tới các di tích kiến trúc; Báo cáo đánh giá tác động của môi trường tới tình trạng bảo tồn, tình trạng kỹ thuật của các di tích kiến trúc trong Quần thể di tích danh thắng Yên Tử; Báo cáo kết quả phân tích mẫu cơ lý hóa và thực trạng vật liệu, nguyên nhân gây hư hại vật liệu tại các di tích kiến trúc gạch đá
- Các đề xuất xây dựng chiến lược tổng thể quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị Quần thể di tích danh thắng Yên Tử, bao gồm: báo cáo định hướng chiến lược tổng thể, tầm nhìn trong quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị Quần thể di tích danh thắng Yên Tử; Báo cáo đề xuất các giải pháp trong xác định khoanh vùng bảo vệ di tích; Báo cáo đề xuất các giải pháp nâng cao nguồn lực trong quản lý di tích; Báo cáo đề xuất các giải pháp xây dựng mô hình quản lý Quần thể di tích danh thắng Yên Tử và cơ chế phối hợp quản lý các di tích; Báo cáo đề xuất các giải pháp thu hút sự tham gia của cộng đồng trong quản lý bảo vệ và phát huy giá trị di tích; Báo cáo đề xuất các chương trình tiếp tục nghiên cứu Quần thể di tích danh thắng Yên Tử phục vụ cho các hoạt động bảo tồn và phát huy giá trị khu di tích.