BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Các nhiệm vụ khác
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  17,179,752
  • Kết quả thực hiện nhiệm vụ

103.01-2016.48

2019-68-0409/KQNC

Nghiên cứu ảnh hưởng của đột biến vùng lõi kỵ nước trên cấu trúc của các tiền sợi Aβ sử dụng mô phỏng động học phân tử trao đổi mô hình

Trường Đại học Tôn Đức Thắng

Bộ Tài chính

Quốc gia

TS. Ngô Sơn Tùng

TS. Nguyễn Minh Tâm, TS. Nguyễn Hà Hùng Chương, ThS. Nguyễn Thị Mai

Hoá sinh; phương pháp nghiên cứu hoá sinh

01/04/2017

01/01/2019

2019

TP. Hồ Chí Minh

27 tr. + Phụ lục

Các mô phỏng REMD với dung môi hiện giúp chúng ta thu được các thông tin cấu trúc và động học của các hệ đột biến một cách chi tiết và ý nghĩa. Các hệ đột biến được nghiên cứu bao gồm F19W, A21G, E22Q, E22K, và D23N. Thời gian mô phỏng cho mỗi hệ khoảng 400 ns cho mỗi mô hình (replica) để đạt được trạng thái cân bằng và so sánh với kết quả của trimer Aβ loại hoang dã (wild-type). Tổng thể, tổng thời gian mô phỏng MD cho các hệ dài gần 100 µs (cộng thêm ~17 µs mô phỏng hệ Etersalate+6Aβ16-22). Các phân tích này gồm có: phân tích cấu trúc bậc 6 hai (secondary structure), tiết diện tán xạ, bản đồ tương tác liên phân tử (bao gồm cả liên kết hydrogen và liên kết sidechain), độ lệch bình phương trung bình gốc (RMSD), diện tích bề mặt hòa tan… Các cấu hình đại diện của hệ thu được nhờ kết hợp giữa phương pháp năng lượng tự do bề mặt (free energy surface/landscape - FES/FEL) và phân cụm. Năng lượng tương tác và ái lực liên kết tự do giữa các đơn sợi cấu thành hệ cũng được điều tra kỹ lưỡng. 

Phương pháp mô phỏng động lực học trao đổi mô hình (REMD), Đột biến đơn điểm, Tiền chất amyloid, Oligomer, Gây độc thần kinh

24 Lý Thường Kiệt, Hà Nội

15969