- Bộ chỉ thị phân tử bao gồm các marker đặc hiệu và các marker (SSR, SSLP, SNP/CAPs/dCAPs...) liên kết với các gen đích được chia sẻ cho các Viện nghiên cứu có cùng đối tượng khai thác sử dụng: Trung tâm Tài nguyên Thực vật, Viện Cây Luong thực và Cây Thực phẩm;
- Các thông tin về dữ liệu về trình tự gen kháng, số lưọng, vị trí trên nhiễm sắc thể của các gen kháng; Các dòng lúa chất lượng un tú và các dòng/giống mang đa gen kháng là nguồn vật liệu quí cho quá trình nghiên cứu sự tương tác giữa gen kháng và phổ kháng vói các loại bệnh hại khác nhau phục vụ công tác nghiên cứu chọn và lai tạo giống. Qua đó, chọn tạo ra các dòng/giổng lúa có chất lượng tốt, có khả năng chống chịu một số bệnh hại chính phục vụ cho sản xuất và kinh doanh; - Các sản phẩm của đề tài (candidate gen, các loại marker, các dòng lúa triển vọng...) là nguồn vật liệu tốt để chọn tạo các giống lúa có năng suất cao, chất lượng ưu tú có khả năng chống chịu với các điều kiện bất lợi của môi trường, sẵn sàng ứng phó vói những biến đổi khí hậu góp phần nâng cao thu nhập cho nguời nông dân và giữ vững ổn định xã hội; +) Đối vói tổ chức chủ trì: - Có thêm nguồn kinh phí để triển khai hướng nghiên cứu về genome học và ứng dụng tin sinh học trong phân tích, khai thác và sử dụng một cách có hiệu quả nguồn gen cây lúa; - Nhóm thực hiện nghiên cứu được tiếp cận với các công nghệ và kỹ thuật hiện đại, góp phần nâng cao năng lực, trình độ trong quá trình công tác; kết quả của đề tài còn được chuyển giao, tăng cường sự họp tác, phối họp nghiên cứu giữa các đon vị: Trung tâm Tài nguyên Thực vật, Viện Cây Luong thực và Cây Thực phẩm, Viện Bảo vệ Thực vật, Đại học Nguyễn Tất Thành... 

- Thông qua họp tác Quốc tế vói Viện nghiên cứu Tin sinh và Truyền dẫn sinh học (IBBT), Trưòĩig Đại học quốc gia Cheng Kung, Đài Loan (Trung Quốc), các cán bộ nghiên cứu của đề tài được tiếp cận, học tập các phương pháp, kĩ thuật hiện đại trong lĩnh vực giải mã genome và sử dụng bioinformatic để quản lý, khai thác dữ liệu genome cây lúa. +) Đối vói các cơ sở sử dụng kết quả nghiên cứu: - Thông tin về trình tự gen, vị trí bản đồ vật lí, các chỉ thị/marker liên kết chặt với các gen qui định các tính trạng nông học quí được áp dụng để nghiên cứu, phân tích di truyền phục vụ công tác chọn tạo giống; - Các dòng lúa triển vọng mang gen kháng được sử dụng, khai thác để tạo giống lúa có năng suất cao, chất lưọng tốt có khả năng chống chịu các loại bệnh hại phục vụ cho sản xuất; - Những kết quả nghiên cứu của đề tài đưọc sử dụng trong các Trường đại học, Viện nghiên cứu để nâng cao chất lượng giảng dạy, nghiên cứu về công nghệ sinh học, di truyền học, genome học và phân loại thực vật. 

Hiệu quả kinh tế:
- Các dòng lúa triển vọng có chất lượng tốt, có khả năng kháng các loại bệnh hại được đưa vào sản xuất sẽ nâng cao hiệu quả kinh tế, giúp nông dân tiết kiệm chi phí thuốc bảo vệ thực vật, giảm ô nhiễm môi tTOỊỜng, bảo vệ sức khỏe người sản xuất và tiêu dùng, góp phần làm xanh, sạch, đẹp môi trường; - Nghiên cứu và xây dựng, khai thác được cơ sở dữ liệu genome của các giống lúa bản địa, khẳng định chủ quyền Quốc gia về nguồn gốc và sự đa dạng di truyền của nguồn gen lúa của Việt Nam, góp phần thúc đẩy thương mại hóa, nâng cao thương hiệu cho sản phẩm lúa gạo của Việt Nam trên thế giới.

Hiệu quả về khoa học công nghệ:
- Đề tài áp dụng các kỹ thuật và công cụ ngành genome học và bioinformatics vào khai thác trình tự genome các giống lúa bản địa của Việt Nam nhằm tầmsoát các gen/QTLs (gen chất lựợng, kháng bệnh) trong genome, định vị các gen, QTLs này trên bản đồ genome lúa. Mở ra hướng nghiên cứu mói về genome học và ứng dụng bioinformatics trong khai thác dữ liệu trình tự genome của lúa để phục vụ công tác chọn tạo giống; - Tù' các dữ liệu genome được khai thác sẽ góp phần cung cấp thêm nhiều thông tin chính xác về nguồn gen lúa bản địa như: trình tự gen, số lượng, vị trí trên nhiễm sắc thể của các gen...
Tạo cơ sở dữ liệu đầy đủ về hệ genome của các giống lúa chất lượng, kháng bạc lá/đạo ôn;, các candidate gen qui định các tính trạng nông học quí là CO' sỏ' để chọn, tạo các giống lúa chất lượng có khả năng chống chịu với các điều kiện bất lợi của môi trường; - Các dòng ưu tú và các dòng/giống mang gen kháng bệnh hại là nguồn vật liệu vô cùng quí giá phục vụ công tác nghiên cứu chọn và lai tạo giống. Hoặc tạo các dòng/giống lúa có những đặc tính LIU tú phù hợp vó'i các điều kiện vùng miền để áp dụng trong sản xuất hàng hóa, sản phẩm được ứng dụng trên thị trường; - Bộ chỉ thị/marker liên kết chặt vó'i các gen qui định các tính trạng chất lượng, kháng bệnh hại là cơ sở để sàng lọc, qui tụ nhanh và chính xác các gen đích trong lai tạo giống; 

- Những kết quả nghiên cứu của đề tài được sử dụng trong các Trường đại học, Viện nghiên cứu để nâng cao chất lượng giảng dạy, nghiên cứu về công nghệ sinh học, di truyền học, genome học và phân loại thực vật.